Pada awalnya, cikal bakal Densus 88 Antiteror lahir dari Instruksi Presiden No. 4 Tahun 2002 tentang Tindak Pidana Terorisme. Instruksi ini dipicu oleh maraknya teror bom hebat sejak 2001. Aturan ini kemudian dipertegas dengan diterbitkanya paket Kebijakan Nasional terhadap pemberantasan Terorisme dalam bentuk Peraturan Pengganti Undang-Undang No. 1 dan 2 Tahun 2002.
Pengamat kepolisian dari Universitas Padjajaran, Muradi, dalam bukunya Densus 88 AT; Konflik, Teror, dan Politik menyebutkan Kementerian Koordinator Politik dan Keamanan merespons perintah itu dengan membentuk Desk Koordinasi Pemberantasan Terorisme pada 2002. Desk ini langsung berada di bawah koordinasi Menteri Koordinasi Politik dan Keamanan. Desk ini berisi kesatuan Antiteror Polri, yang lebih dikenal dengan Detasemen C Resimen IV Gegana Brimob Polri, dan tiga organisasi antiteror TNI dan intelijen.